पंतप्रधान पद :- दुसरी खेप (मार्च १९९८)

१९९६ ते ९८ दरम्यान तिसऱ्या आघाडीला सरकार स्थापनेच्या दोन संधी मिळाल्या. दैवेगोडा आणि इंद्रकुमार गुजराल भारताचे पंतप्रधान झाले. ही दोन्ही सरकारे लवकरच कोसळली. १९९८च्या निवडणुकांत भाजप पुन्हा प्रबळ दावेदार झाला आणि वाजपेयी यांनी पंतप्रधान म्हणून शपथ घेतली. यावेळी भाजपाने इतर पक्षांसोबत मिळून राष्ट्रीय लोकशाही आघाडी (रा.लो.आ.) ( NDA - National Democratic Alliance), ची स्थापना केली. अखेर १९९८च्या अखेरीस अण्णाद्रमुकच्या नेत्या जयललिता यांनी रालोआचा पाठिंबा काढला. यावेळी विश्वासमत प्रस्तावावेळी वाजपेयी सरकार अवघ्या एका मताने पडले. विरोधी पक्षसुद्धा सरकार स्थापन करू शकला नाही व अखेर भारत पुन्हा लोकसभा निवडणुकांना सामोरा गेला. त्यावेळी वाजपेयी हे काळजीवाहू पंतप्रधान बनले. या दुसऱ्या खेपेस वाजपेयींनी स्वतःच्या राजकारणाची आणि कणखरतेची छाप सोडली होती. त्याचे काही महत्त्वाचे निर्णय खालीलप्रमाणे होते.